补充协议原则上不可以只与部分主体签署，但在特定情形下可能被认定为有效。以下从不同角度为您详细分析：
一、原则上，补充协议需全体主体签署才有效
从合同法的角度来看，合同（包括补充协议）的成立和生效通常要求合同各方当事人达成合意，即各方对合同条款均表示认可并签字（或盖章）确认。补充协议作为对原合同的修改或补充，其效力同样依赖于各方当事人的共同意愿。因此，在一般情况下，如果补充协议仅与部分主体签署，而未得到其他主体的认可或签署，那么该补充协议对未签署的主体不具有约束力。
二、特定情形下，仅与部分主体签署的补充协议可能被认定为有效
尽管原则上补充协议需要全体主体签署，但在某些特定情形下，仅与部分主体签署的补充协议也可能被认定为有效。这主要取决于未签署主体是否通过实际行为表示了对补充协议的认可或追认。例如：
未签署主体实际履行了补充协议：如果未签署补充协议的主体在后续行为中按照补充协议的内容履行了相应义务，这可以被视为对补充协议的默认或追认，从而使得补充协议对该主体产生法律效力。
未签署主体明确表示认可：即使未签署补充协议，但如果未签署主体通过书面、口头或其他方式明确表示了对补充协议内容的认可，那么该补充协议也可能被认定为对其具有约束力。
三、法律风险与建议
尽管在特定情形下仅与部分主体签署的补充协议可能被认定为有效，但这种做法仍然存在较大的法律风险。因为：
争议风险：如果未签署主体对补充协议的内容提出异议，或者否认其实际履行行为与补充协议的关联性，那么就可能引发争议和纠纷。
证明难度：要证明未签署主体通过实际行为表示了对补充协议的认可或追认，往往需要提供充分的证据。这在实践中可能存在一定的难度。
因此，我建议您在签署补充协议时，尽量确保所有相关主体都参与签署。如果确实存在只能与部分主体签署的情况，那么您应该：
明确告知未签署主体：将补充协议的内容和签署情况明确告知未签署主体，并询问其是否认可。
保留相关证据：如果未签署主体表示认可或实际履行了补充协议，那么您应该保留相关证据，以备不时之需。
考虑重新协商：如果可能的话，您可以考虑与所有相关主体重新协商并签署一份新的补充协议，以确保其法律效力和可执行性。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。