结论前置：合同的补充协议可以只盖公章，且只要符合相关法律规定和公司内部规定，该补充协议即具有法律效力。

详细分析：

1. 公章的法律地位与作用：

   • 公章是公司、企业等组织在法律文件上确认其意志、表示认可的法定印章。它代表了公司的正式意志和承诺，具有极高的法律效力。
   • 在签订合同或补充协议时，加盖公章能够表明公司对协议内容的认可和接受，是协议生效的重要条件之一。

2. 补充协议的性质与盖章要求：

   • 补充协议是对原合同内容的补充或变更，它同样具有合同的性质，需要双方协商一致并签订书面协议。
   • 在盖章方面，补充协议可以加盖公章，也可以加盖合同章。只要盖章真实有效，且符合相关法律法规及公司内部规定，补充协议即具有法律效力。

3. 只盖公章的补充协议的法律效力：

   • 如果补充协议上只盖了公章，而没有其他违反法律规定或公司内部规定的情况，那么该补充协议是合法有效的。
   • 公章作为公司意志的代表，其加盖在补充协议上即表明公司对协议内容的认可和接受，因此该协议对双方具有法律约束力。

4. 实际操作中的注意事项：

   • 确保公章的真实性：在签订补充协议时，务必确保所使用的公章是真实有效的，避免使用伪造或过期的公章。
   • 核对协议内容：在盖章前，应仔细核对补充协议的内容，确保其与原合同相一致，并明确、具体地约定了双方的权利和义务。
   • 遵守公司内部规定：不同公司可能对合同签订和印章使用有不同的内部规定，因此在签订补充协议时，应遵守公司内部的相关规定和流程。

5. 可能的法律后果：

   • 如果补充协议上加盖的公章是伪造的或过期的，或者协议内容存在违法或违反公司内部规定的情况，那么该补充协议可能被视为无效或可撤销。
   • 在这种情况下，双方可能无法依据补充协议来主张权利或履行义务，甚至可能面临法律纠纷和损失。

法律建议：

• 在签订补充协议时，建议双方明确约定盖章的类型和要求，以确保协议的合法性和有效性。
• 如果对补充协议的盖章或内容有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供针对性的法律建议和帮助。

综上所述，合同的补充协议可以只盖公章，但务必确保公章的真实性、合法性以及补充协议内容的准确性。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。