结论：主合同使用合同章，而补充协议使用公章，这种做法在法律上通常是有效的，但具体效力还需根据合同内容、双方意图及实际履行情况等因素综合判断。
分析说明：
合同章与公章的法律效力：
- 合同章：通常用于签署合同，代表公司对合同内容的确认和接受，具有特定的法律效力。
- 公章：是公司最高权力的象征，用于重要文件、合同等，具有最高的法律效力。在法律上，公章的使用通常被视为公司对文件内容的正式确认。
主合同与补充协议的关系：
- 主合同是双方交易的基础，明确了双方的权利和义务。
- 补充协议是对主合同的补充或修改，通常用于细化主合同中的某些条款或增加新的条款。
印章使用对合同效力的影响：
- 一般原则：在法律上，合同的有效性并不完全取决于所使用的印章类型，而是取决于合同内容是否合法、双方意思表示是否真实、是否违反法律法规的强制性规定等。
- 特殊情况：尽管印章类型不是决定合同效力的唯一因素，但在某些特定情况下，如合同明确约定必须使用公章或合同章，或者行业惯例、交易习惯等要求使用特定印章时，使用不符合约定的印章可能会影响合同的效力。然而，这种影响并非绝对，还需结合具体情况判断。
实际履行情况的影响：
- 如果双方在实际履行过程中，均按照补充协议的内容执行，且没有提出异议，那么即使补充协议上使用的是公章而非合同章，也可能被视为双方对补充协议内容的认可和接受。
法律建议：
- 审查合同内容：仔细审查主合同和补充协议的内容，确保双方的权利和义务明确、合法。
- 确认双方意图：与对方沟通确认，了解双方对印章使用的真实意图和期望，以避免未来可能出现的纠纷。
- 遵循行业惯例和交易习惯：在可能的情况下，遵循行业惯例和交易习惯使用印章，以减少不必要的法律风险。
- 保留证据：妥善保管主合同、补充协议及相关履行证据，以备不时之需。
可能后果：
- 如果双方对印章使用无异议，且实际履行情况符合补充协议的内容，那么补充协议通常会被视为有效。
- 如果双方因印章使用问题产生纠纷，且无法通过协商解决，那么可能需要通过法律途径解决。在这种情况下，法院或仲裁机构会综合考虑合同内容、双方意图、实际履行情况等因素来判断补充协议的效力。
如有任何进一步疑问或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。