合作协议中一方盖公章、一方盖合同章，这样的做法在法律上是有效的，并不会影响协议的效力。以下从几个角度进行详细分析：
公章与合同章的法律效力：
- 公章是单位处理内外部事务的印鉴，代表了单位的正式意志，具有最高的法律效力。在合同上加盖公章，通常意味着单位对合同内容的认可和接受。
- 合同章则是专门用于合同签订的印鉴，它同样代表了单位在合同事务上的意志。虽然其使用范围可能相对公章更为特定，但在合同签订方面，合同章与公章具有同等的法律效力。
合作协议中的印章使用：
- 在合作协议中，无论使用公章还是合同章，只要该印章是真实、合法且代表单位意志的，那么加盖该印章的协议就具有法律效力。
- 实践中，很多单位为了管理方便，会分别使用公章和合同章来处理不同类型的事务。但这并不意味着合同章的法律效力低于公章。只要印章的使用符合单位的规定和法律的要求，那么加盖合同章的协议同样有效。
可能的法律风险与防范：
- 尽管公章和合同章在法律效力上相当，但使用不同印章可能带来一些管理上的风险。例如，如果单位对印章的使用没有严格的管理制度，可能会导致印章被滥用或误用，从而引发法律纠纷。
- 为了防范这些风险，单位应建立健全的印章管理制度，明确印章的使用范围、审批程序和保管责任。同时，在签订合作协议时，双方应仔细核对印章的真实性和合法性，确保协议的有效性和安全性。
实际案例与司法实践：
- 在司法实践中，法院通常会根据印章的真实性、合法性以及单位意志的代表性来判断合同的有效性。只要印章符合这些要求，无论它是公章还是合同章，都不会影响合同的法律效力。
- 当然，如果存在印章被伪造、冒用或单位意志被违背等特殊情况，那么合同的有效性可能会受到质疑。但这种情况并不属于印章本身的问题，而是涉及到更复杂的法律事实和证据认定问题。
总结与建议：
合作协议中一方盖公章、一方盖合同章的做法是有效的，不会影响协议的效力。但为了确保协议的安全性和有效性，双方应建立健全的印章管理制度，并在签订协议时仔细核对印章的真实性和合法性。如果遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。