要确保主协议和补充协议同时盖章，可以从以下几个角度采取措施，以保障两份协议的法律效力和同步性：

1. 统一签署流程
   在协议签署前，明确约定主协议和补充协议为同一法律文件的不同部分，并在协议文本中注明“本协议由主协议及补充协议共同构成，具有同等法律效力”。签署时，将两份协议一并提交给各方签署人，确保签署流程同步进行，避免因时间差导致盖章不同步。

2. 签署页设计
   在协议文本中，可以设计统一的签署页，将主协议和补充协议的签署栏合并至同一页面，或明确标注“以下签署适用于主协议及补充协议”。这样，签署人只需在统一签署页上盖章，即可视为对两份协议的共同确认。

3. 见证或公证
   如果协议涉及重要交易或权利义务，可以邀请第三方（如律师、公证员）见证签署过程，或对签署行为进行公证。第三方见证或公证可以确保主协议和补充协议的签署时间、地点、签署人等信息一致，增强协议的法律效力。

4. 签署后确认
   在签署完成后，各方可以签署一份《签署确认书》，明确主协议和补充协议已同时签署并生效，并附上两份协议的复印件或扫描件作为附件。这样，即使两份协议的盖章时间存在细微差异，也可以通过《签署确认书》证明其同步性。

5. 电子签署工具
   如果采用电子签署方式，可以使用可靠的电子签署平台（如法大大、e签宝等），这些平台通常支持多文件批量签署功能，可以确保主协议和补充协议在同一时间完成电子盖章，并生成时间戳，证明签署的同步性。

6. 协议条款约束
   在协议文本中增加条款，明确约定“主协议与补充协议的签署、生效、履行等事项应同步进行，任何一方不得单独主张某一协议的效力”。这样，即使一方试图主张两份协议的签署不同步，也可以通过协议条款进行约束。

总结：为确保主协议和补充协议同时盖章，建议从签署流程、签署页设计、第三方见证、签署后确认、电子签署工具和协议条款约束等多个角度采取措施，以保障两份协议的法律效力和同步性。如果有具体协议文本或签署场景需要进一步分析，可以随时向我咨询。