补充协议既可以盖合同章，也可以盖公章，具体选择取决于多种因素。以下是对这一问题的详细分析：
一、合同章与公章的法律地位与作用
合同章：
- 合同章是企业用于签订合同的专用印章，具有确认合同及相关法律文件效力的功能。
- 在商业活动中，合同章代表公司的意志和承诺，是公司在签订合同时的法定印章之一。
公章：
- 公章是公司对外行使权力的象征，具有最高的法律效力。
- 加盖公章的文件，通常被视为公司对文件内容的正式确认和承诺。
二、补充协议的性质与盖章要求
补充协议的性质：
- 补充协议本质上是对原合同内容的补充或变更，属于合同的一种特殊形式。
- 它用于明确或调整原合同中未充分说明或需要修改的部分，对双方的权利和义务进行进一步的约定。
盖章要求：
- 一般情况：补充协议可以盖合同章或公章，只要能够表明签订主体对补充协议内容的认可和接受即可。
- 特定情况：如果原合同或公司内部规定明确要求补充协议必须盖公章，或者补充协议涉及重大变更、重要条款的引入等，那么为了确保合同的合法性和有效性，建议盖公章。
三、实际操作中的注意事项
确保印章的真实性与合法性：
- 无论选择盖合同章还是公章，都必须确保印章是真实有效的，并且符合相关法律法规及公司内部规定的要求。
仔细核对补充协议内容：
- 在盖章前，务必仔细核对补充协议的内容，确保其与主合同相一致，并明确、具体地约定了双方的权利和义务。
遵守公司内部流程与规范：
- 遵守公司内部关于合同签订和印章使用的流程与规范，确保盖章行为的合法性和有效性。例如，某些公司可能要求补充协议必须经过特定部门或人员的审核后才能盖章。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 如果补充协议盖的印章真实有效，且内容合法合规，那么该补充协议将具有与原合同相同的法律效力，对合同双方产生法律约束力。
- 如果补充协议盖的印章存在瑕疵（如伪造、过期等），或者内容存在违法违规之处，那么该补充协议可能被认定为无效或部分无效，从而给合同双方带来法律风险。
建议：
- 在签订补充协议时，建议根据具体情况选择合适的印章进行盖章。如果涉及重大变更或重要条款的引入，建议盖公章以增强合同的证明力和公信力。
- 如果对印章的选择或补充协议的内容存在疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供针对性的法律建议。
综上所述，补充协议既可以盖合同章也可以盖公章，具体选择取决于多种因素。在实际操作中，请务必确保印章的真实性与合法性，并仔细核对补充协议的内容。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。