合同补充协议应该盖什么章，需根据具体情况来判断，但通常来说，合同章或公章是较为常见的选择。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定角度
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同时，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同即成立。这意味着，盖章并非合同成立的唯一要件，签名或按指印同样具有法律效力。然而，在商业实践中，盖章（尤其是合同章或公章）通常被视为确认合同效力的重要方式，能够增强合同的证明力和公信力。
二、合同主体类型
自然人之间签订的补充协议：
- 对于自然人而言，签订补充协议时通常不需要盖章，通过签名或按指印即可使协议成立并生效。
法人或非法人组织签订的补充协议：
- 对于法人或非法人组织（如公司、合伙企业等），签订补充协议时通常会加盖合同章或公章。这是因为盖章是法人或非法人组织对外作出意思表示的重要方式，能够代表组织的意志和行为。
- 但也并非绝对必须盖章。如果有法定代表人或负责人的签名，并且合同不存在其他无效情形，补充协议同样有效。例如，公司法定代表人在补充协议上签字，即使未加盖公章，若该行为代表公司且对方有合理理由相信其代表权，则协议对公司具有约束力。
三、补充协议的具体内容
- 如果补充协议仅是对原合同的细微补充或解释，且未引入新的重要条款或对双方权利义务产生重大影响，那么在主合同已经盖章的情况下，补充协议可能不需要额外盖章，仅需签字即可。
- 如果补充协议包含了新的重要条款或对原合同有重大改变，影响到双方的权利和义务，那么为了确保合同的合法性和有效性，补充协议可能需要像主合同一样进行签字和盖章。
四、实际操作建议
确保印章的真实性和合法性：
- 在使用合同章或公章时，务必确保印章是真实有效的，并且符合相关法律法规及公司内部规定的要求。
仔细核对补充协议内容：
- 在盖章前，务必仔细核对补充协议的内容，确保其与主合同相一致，并明确、具体地约定了双方的权利和义务。
遵守公司内部流程与规范：
- 遵守公司内部关于合同签订和印章使用的流程与规范，确保盖章行为的合法性和有效性。
考虑其他确认方式：
- 如果双方同意采用其他方式（如电子邮件、短信等）确认补充协议的内容，并且这种行为在法律上能够被视为有效的合同确认方式，那么也可以考虑不盖章。但这种方式可能存在一定的法律风险，需谨慎使用。
总结来说，合同补充协议应该盖什么章并没有固定的答案，而是需要根据具体情况来判断。在实际操作中，建议根据合同主体类型、补充协议的具体内容以及双方当事人的约定来决定是否需要盖章以及盖什么章。如果有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供针对性的法律建议。