补充协议是可以盖合同章的，且只要符合相关法律规定和公司内部规定，该补充协议即具有法律效力。以下是对这一问题的详细分析：

一、合同章的法律地位与作用

合同章是企业用于签订合同的专用印章，具有确认合同及相关法律文件效力的功能。在商业活动中，合同章代表公司的意志和承诺，是公司在签订合同时的法定印章。因此，使用合同章加盖在补充协议上，能够表明签订主体对补充协议内容的认可和接受。

二、补充协议的性质与盖章要求

补充协议本质上是对原合同内容的补充或变更，属于合同的一种特殊形式。它用于明确或调整原合同中未充分说明或需要修改的部分，对双方的权利和义务进行进一步的约定。从法律角度来看，盖章并非补充协议生效的唯一要件。根据《民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这意味着，签名或按指印同样可以使补充协议生效。然而，在实际操作中，盖章能够增强合同的证明力和公信力，有助于保障合同的顺利履行，并在日后可能出现的纠纷中避免因合同签订形式问题而产生的争议。

三、不同情况下的盖章要求

1. 自然人之间签订的补充协议：

   • 对于自然人之间签订的补充协议，不必须盖章。自然人通过签名或按指印即可使协议成立并生效。

2. 法人或非法人组织签订的补充协议：

   • 实践中，法人或非法人组织签订的补充协议通常会盖章，因为盖章是法人或非法人组织对外作出意思表示的重要方式。
   • 但也并非绝对必须盖章。如果有法定代表人或负责人的签名，并且合同不存在其他无效情形，补充协议同样有效。例如，公司法定代表人在补充协议上签字，即使未加盖公章，若该行为代表公司且对方有合理理由相信其代表权，则协议对公司具有约束力。

3. 当事人有特别约定的情况：

   • 如果当事人在主合同或事先约定中明确补充协议必须盖章才能生效，那么就必须按照约定执行。否则，补充协议可能不生效。

4. 补充协议内容的重要性：

   • 如果补充协议仅是对原合同的细微补充或解释，且未引入新的重要条款或对双方权利义务产生重大影响，那么在主合同已经盖章的情况下，补充协议可能不需要额外盖章，仅需签字即可。
   • 如果补充协议包含了新的重要条款或对原合同有重大改变，影响到双方的权利和义务，那么为了确保合同的合法性和有效性，补充协议可能需要像主合同一样进行签字和盖章。

四、实际操作中的注意事项

1. 确保合同章的真实性与合法性：

   • 在使用合同章时，务必确保其是真实有效的，并且符合相关法律法规及公司内部规定的要求。

2. 仔细核对补充协议内容：

   • 在盖章前，务必仔细核对补充协议的内容，确保其与主合同相一致，并明确、具体地约定了双方的权利和义务。

3. 遵守公司内部流程与规范：

   • 遵守公司内部关于合同签订和印章使用的流程与规范，确保盖章行为的合法性和有效性。

总结来说，补充协议可以盖合同章，且盖章能够增强合同的证明力和公信力。然而，在实际操作中，并非所有补充协议都必须盖章，具体取决于合同主体类型、当事人约定以及补充协议的具体内容。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。