遇到小工厂老板注销营业执照且拖欠员工三个月工资的情况，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 确认责任主体：

   • 如果小工厂是个体工商户，那么其经营者对债务承担无限责任，员工可以直接向经营者追讨工资。
   • 如果小工厂是公司制企业，且未经依法清算就注销了营业执照，员工可以要求有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东以及实际控制人承担清偿责任。

2. 收集证据：

   • 员工应尽快收集能证明劳动关系和工资数额的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作记录等。
   • 这些证据将为后续维权提供有力支撑。

3. 向劳动监察部门投诉：

   • 员工可以携带相关证据，向当地劳动监察部门反映情况。
   • 劳动监察部门会依法对用人单位进行监督检查，并责令相关责任人支付工资。

4. 申请劳动仲裁：

   • 如果协商和投诉均未能解决问题，员工可以申请劳动仲裁。
   • 提交仲裁申请时，需附上相关证据。
   • 劳动仲裁机构会根据事实和法律作出裁决，要求相关责任人支付拖欠的工资。

5. 提起诉讼：

   • 如果对仲裁结果不服，员工可以在规定时间内向法院提起诉讼。
   • 诉讼过程中，员工需要提交充分的证据来支持自己的主张。
   • 法院将依法审理案件，并作出公正判决。

6. 其他途径：

   • 如果发现老板注销营业执照存在逃避债务等恶意行为，员工可以向法院申请财产保全，防止其转移财产。
   • 同时，也可以向市场监督管理部门反映老板在拖欠工资情况下注销执照的情况，市场监督管理部门可依法对其注销行为进行审查并处理。

综上所述，尽管小工厂老板注销了营业执照，但员工仍有多种途径可以追讨拖欠的工资。建议员工在维权过程中保持冷静和理性，依法行事，以维护自己的合法权益。