鉴定机构与当事人的诉讼代理人有合作时，鉴定人应当回避。以下是具体的分析：

回避制度的规定

回避制度是我国司法鉴定制度中的一项基本制度，既是司法鉴定人的义务，也是诉讼当事人及其法定代理人要求鉴定人回避的权利。这一制度在我国的法律、司法鉴定法规和部门规章中有明确规定。

回避的情形

司法鉴定人具有下列情形之一的，应当自行回避，不自行回避的，委托人、诉讼当事人及利害关系人有权要求其回避：

1. 担任过本案的侦查员、检察员、审判员的；
2. 是本案的当事人，或者是当事人近亲属的；
3. 本人或者其近亲属与本案有利害关系的；
4. 担任过本案的证人、辩护人、诉讼代理人的；
5. 与本案当事人有其他关系可能影响司法公正的。

由此可见，如果鉴定机构与当事人的诉讼代理人有合作，那么鉴定人由于与当事人存在利害关系（如经济上的联系、长期的合作关系等），可能会影响其独立性和中立性，进而可能影响司法公正。因此，在这种情况下，鉴定人应当回避。

回避的决定

社会鉴定机构的鉴定人本人提出回避或委托人、当事人涉及利害关系人认为司法鉴定人应当回避而提出申请的，由司法鉴定人所在的司法鉴定机构决定；司法机关内设司法鉴定机构的鉴定人本人依法请求回避或诉讼当事人及其代理人要求其回避的，由其所在司法机关决定。

结论与建议

综上所述，鉴定机构与当事人的诉讼代理人有合作时，鉴定人应当回避，以确保司法鉴定的独立性和公正性。如果当事人发现应该回避的鉴定人员没有回避，可以向司法鉴定机构提交要求其回避的申请。若司法鉴定机构未采纳当事人的申请，当事人还可以对此申请复议。在诉讼过程中，当事人应当密切关注鉴定人的身份和背景，确保鉴定程序的公正性和合法性。