结论：一楼住房做生意、二楼自家住，只有一个水表且全按商业用水收费，这种做法在合法性上存在问题，通常不合法。下面我将从几个方面详细解释：

1. 用水性质区分：

   • 商业用水和居民用水在价格、用途及管理上都有明确区分。商业用水通常价格较高，因为它包含了更多的服务成本和税费。
   • 一楼用于做生意，其用水性质可能属于商业用水；而二楼自家住，其用水性质则明确为居民用水。

2. 水表与计费：

   • 既然一楼和二楼的用水性质不同，理论上应当分别安装水表，以便准确计量各自用水量，并按照相应的用水性质进行计费。
   • 只有一个水表且全按商业用水收费，显然忽略了二楼居民用水的实际情况，这种做法在计费上是不合理的。

3. 法律法规依据：

   • 根据相关法律法规，水费的收取应当遵循公平、公正、合理的原则，确保用户的合法权益不受侵害。
   • 将不同性质的用水混合计费，且全部按照较高的商业用水价格收取，违反了上述原则，损害了用户的经济利益。

4. 建议与解决方案：

   • 你应当与供水部门或物业公司进行沟通，要求他们按照实际用水性质分别安装水表并计费。
   • 如果沟通无果，你可以考虑向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

综上所述，一楼住房做生意、二楼自家住，只有一个水表且全按商业用水收费的做法在合法性上存在问题。你应当积极采取措施，维护自己的合法权益。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。