关于小区单独收取二次供水费是否合法的问题，这确实需要根据多个因素来综合判断。以下是我为您详细梳理的分析：
一、合法性的判断依据
合同约定：
- 首先，您需要查看物业服务合同中是否有关于二次供水费的明确约定。如果合同中明确规定了二次供水费用由物业代收代缴，并且收费标准符合相关规定，那么物业收取此费用是合法的。
成本分摊原则：
- 二次供水确实涉及额外的设备、能源等成本。如果物业能够提供详细的成本核算清单，并按照合理的方式将这些成本分摊给业主，同时该收费已经过相关部门的备案或符合当地政府规定的收费标准，那么收取二次供水费也是合法的。
相关部门许可：
- 物业在收取二次供水费前，需要获得相关部门的许可，并确保费用的合理性、公开性。此外，还需经过业主的同意，确保信息的透明度和业主的知情权。
二、不合法的情况
合同无约定或未经业主同意：
- 如果物业服务合同中没有关于二次供水费的约定，或者物业未征得业主同意就单方面决定收费，这种收费行为是缺乏法律依据的，因此是不合法的。
违规收费或超标准收费：
- 如果物业收取的二次供水费标准高于当地物价部门规定的标准，或者存在重复收费、乱收费等情况，均属于违规行为，因此是不合法的。
供水单位已承担费用：
- 根据相关法规，如果供水单位已经将二次供水的成本包含在水费中，或者供水单位与物业有约定由供水单位承担二次供水费用，那么物业再向业主收取此费用则是不合法的。
三、业主的应对措施
查阅合同和法规：
- 业主在遇到此类问题时，首先应查阅物业服务合同和相关法律法规，了解自己的权益和义务。
与物业沟通协商：
- 如果业主对物业的收费行为有疑问或不满，可以与物业进行沟通协商，要求物业提供详细的收费依据和成本核算清单。
投诉举报：
- 如果业主认为物业存在违规收费行为，可以向当地物价行政主管部门投诉或举报，以维护自己的合法权益。
综上所述，小区单独收取二次供水费的合法性取决于多个因素，包括合同约定、成本分摊的合理性、相关部门的许可、费用标准的合规性以及业主的同意等。业主在遇到此类问题时，应积极了解法律法规和合同条款，维护自己的合法权益。同时，物业也应确保收费的合法性、合理性和透明度，以维护良好的物业管理秩序。