自来水公司这种收费方式一般不合法，但需分情况讨论，具体分析如下：

1. 从合同约定角度分析
   商业用户与自来水公司之间通常存在供水服务合同，合同中会明确约定水费的计价方式（如按实际用水量计量收费）。若合同中未约定“按小区总生活用水比例分摊”的条款，自来水公司单方面采用该方式收费，属于违约行为，商业用户有权依据《民法典》第五百七十七条要求其按合同约定履行义务，并可能主张赔偿损失。

2. 从价格法规角度分析
   根据《城市供水价格管理办法》及地方性法规，水费计价需遵循“公平负担、合理补偿”原则，且需经价格主管部门核准。若自来水公司未通过法定程序（如听证会）将“比例分摊”纳入定价方案，或未在营业场所公示计价方式，则可能涉嫌违反价格法，商业用户可向市场监管部门投诉或申请行政复议。

3. 从特殊情形角度分析
   若存在以下情况，收费方式可能被认定为合法：

   • 合同明确约定：供水合同中载明“因管道混接等特殊原因需按比例分摊”，且商业用户签字确认；
     
   • 政府临时措施：在极端天气、管道抢修等紧急情况下，政府授权自来水公司采取临时分摊措施（需后续补办审批手续）；
     
   • 技术不可分性：如商业用水与生活用水共用总表且无法独立安装计量装置，需经双方协商并留存书面证据。

建议行动步骤：

1. 核查供水合同条款，确认是否存在相关约定；
   
2. 要求自来水公司出具收费依据（如政府文件、计价公式）；
   
3. 若协商无果，可向当地住建部门（供水主管部门）或12345热线投诉；
   
4. 保留水费账单、沟通记录等证据，必要时通过诉讼主张权益。
   

如有进一步细节（如合同内容、地方政策等），可随时补充说明，我会为您具体分析。