在施工合同与农村建房施工承包合同协议发生矛盾时，我们需要根据合同的具体内容、法律规定以及实际情况来综合判断以哪个合同为法律规定。以下是我的详细分析：

1. 查看合同条款：

   • 首先，应仔细查看两份合同中关于矛盾事项的约定。如果其中一份合同明确规定了在与另一份合同发生矛盾时的优先适用条款，那么应优先适用该条款。
   • 如果两份合同都没有明确规定优先适用条款，则需要进一步分析。

2. 考虑合同性质与目的：

   • 施工合同通常用于大型、复杂的工程项目，其条款往往更加详细、专业，并可能涉及更多的法律、技术规范。
   • 农村建房施工承包合同协议则可能更加侧重于农村自建房的简单施工，其条款可能相对简洁。
   • 根据合同的性质与目的，可以判断哪份合同更符合当前项目的实际需求，从而确定以哪份合同为准。

3. 参考法律规定：

   • 在没有明确约定或约定不明确的情况下，应参考相关的法律规定。例如，《民法典》中关于合同履行的规定，以及可能涉及的建设工程相关法律法规。
   • 如果法律规定了某类合同在特定情况下的优先适用，那么应遵循该规定。

4. 考虑实际履行情况：

   • 如果两份合同在实际履行过程中已经形成了某种惯例或默认做法，那么这种惯例或做法也可能成为判断以哪份合同为准的依据。

5. 综合判断：

   • 在综合以上分析后，如果仍然无法确定以哪份合同为准，那么可能需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决争议。

综上所述，施工合同与农村建房施工承包合同协议发生矛盾时，并没有一个固定的答案来确定以哪个合同为法律规定。而是需要根据合同的具体内容、法律规定以及实际情况来综合判断。如果你在这方面遇到了具体问题，可以直接向我咨询，我会根据你的实际情况给出更具体的建议。