公司无证据扣员工一千多工资，若被认定为克扣工资，公司应支付员工被克扣的工资及相应的赔偿金。具体赔偿金额需根据实际情况计算，以下是对此问题的详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
赔偿金计算：
- 若公司无证据扣员工一千多工资，且被劳动行政部门认定为克扣工资，公司除应支付被克扣的工资外，还需支付相当于被克扣工资25%的经济补偿金。
- 计算公式为：赔偿金 = 被克扣工资 + 被克扣工资 × 25%。
实际操作建议：
- 员工应先与公司进行沟通，要求公司说明扣款原因并提供证据。
- 若公司无法提供合理证据，员工可向劳动行政部门投诉，要求公司支付被克扣的工资及赔偿金。
- 若劳动行政部门无法解决问题，员工可申请劳动仲裁或提起诉讼，维护自己的合法权益。
综上所述，公司无证据扣员工一千多工资，若被认定为克扣工资，公司应支付员工被克扣的工资及相应的赔偿金。具体赔偿金额需根据被克扣的工资数额计算。若你有进一步的问题或需要法律帮助，请直接向我咨询。