拼多多对物流中转超时罚款商家不一定合法。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 拼多多的罚款行为基于其与商家之间的合同

1. 拼多多作为电商平台，与商家之间会签订相关的合作协议或平台规则，其中可能包含了对物流中转超时等情形的罚款规定。
2. 如果商家在入驻拼多多平台时，明确同意了这些包含罚款条款的协议或规则，那么从合同法的角度来看，拼多多依据合同对商家进行罚款，在形式上似乎有一定的依据。

二. 罚款行为需遵循公平原则

1. 根据《民法典》第六条，民事主体从事民事活动，应当遵循公平原则，合理确定各方的权利和义务。
2. 拼多多作为平台方，在制定规则时应当充分考虑商家的合法权益，不能单方面利用自己的强势地位对商家进行不合理的罚款。
3. 物流中转超时可能由多种原因造成，如物流公司的问题、天气原因、交通状况等，这些并非商家能够完全控制。因此，如果拼多多不分原因地对商家进行罚款，可能违反了公平原则。

三. 罚款行为需有明确的法律依据

1. 虽然拼多多与商家之间有合同关系，但合同的约定不能违反法律法规的强制性规定。
2. 如果拼多多的罚款行为没有明确的法律依据，或者违反了相关法律法规的规定，那么该罚款行为就是不合法的。

综上所述，拼多多对物流中转超时罚款商家的行为，需要具体问题具体分析。如果拼多多的罚款行为是基于与商家之间的合法合同，并且遵循了公平原则，那么该行为可能合法。但如果拼多多的罚款行为违反了法律法规的强制性规定，或者没有充分考虑商家的合法权益，那么该行为就是不合法的。因此，商家在面对拼多多的罚款时，应当仔细审查合同条款和相关法律法规，维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。