总额管控的工资扣基本工资是否合法，需根据具体情况来判断。

首先，我们要明确“总额管控”和“扣基本工资”两个概念。总额管控通常指的是对工资总额进行一定的控制或限制，而扣基本工资则是指从员工的基本工资中扣除部分金额。

接下来，我们分析几种可能的情况：

1. 合法情况：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了总额管控的具体方式，并且规定了可以在特定情况下扣减基本工资，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣减通常是合法的。
   • 例如，劳动合同中约定了因员工绩效不达标、违反公司规定或旷工等原因可以扣减基本工资，且扣减后的工资不低于当地最低工资标准，那么这种扣减就是合法的。

2. 不合法情况：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定总额管控和扣减基本工资的具体方式，或者规定本身违反了法律法规的强制性规定，那么这种扣减就是不合法的。
   • 例如，公司随意扣减员工的基本工资，或者扣减后的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣减就是违法的。

3. 特殊情况：

   • 在某些特殊情况下，如企业面临经营困难、需要裁员或降薪等，可能会与员工协商调整工资结构或进行总额管控。如果这种调整或管控得到了员工的明确同意，并且不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣减也是合法的。

综上所述，总额管控的工资扣基本工资是否合法，取决于劳动合同、公司规章制度的具体规定以及法律法规的强制性规定。如果员工对扣减有疑问或不满，建议及时与公司沟通或咨询专业律师以维护自己的合法权益。