关于“公司只有综合管理部，离职证明盖综合管理部章子是否可以”的问题，这主要取决于公司内部的管理规定以及外部机构（如社保局、公积金管理中心等）对离职证明的具体要求。

首先，从公司内部管理角度来看，如果综合管理部是公司负责人力资源、行政等事务的部门，并且公司没有设立专门的人力资源部或行政部来单独处理员工离职事宜，那么综合管理部出具的离职证明并加盖其章子，在公司内部应当是有效的。这意味着，对于公司内部而言，这样的离职证明足以证明员工已经离职，并且可以作为办理相关手续（如工资结算、工作交接等）的依据。

然而，对于外部机构而言，他们可能对离职证明有更为严格的要求。例如，一些机构可能要求离职证明必须加盖公司公章或人力资源部专用章才予认可。在这种情况下，如果离职证明仅加盖了综合管理部的章子，可能会因不符合外部机构的要求而导致无法被接受。

因此，为了确保离职证明的有效性，建议你在离职前与公司相关部门（如综合管理部、人力资源部等）沟通确认，了解公司对于离职证明的具体规定以及外部机构对离职证明的要求。如果综合管理部出具的离职证明并加盖其章子在公司内部有效，但外部机构有要求，你可能需要请求公司出具一份符合外部机构要求的离职证明，并加盖相应的公章或专用章。

总的来说，离职证明是否有效取决于具体的使用场景和要求。在办理离职手续时，务必与公司相关部门沟通确认，并确保离职证明符合所有相关要求。