面对无效行政协议，行政机关应依据相关法律法规和实际情况，采取恰当的处理措施。以下是对此问题的详细分析：

一、无效行政协议的情形

行政协议若存在内容违法、签订程序不当或违反法律的强制性规定等情形，将被确认为无效。无效行政协议自始无效，对双方均无约束力。

二、无效行政协议的处理方式

1. 返还财产：

   • 当行政协议被认定无效后，因该协议取得的财产，原则上应予以返还。例如，如果行政机关与企业签订了无效的土地出让协议，行政机关应退还企业已支付的土地出让金，企业则需将土地返还给行政机关，并对地上未经合法审批的建筑物按具体情况处理。

2. 折价补偿：

   • 若财产无法返还或无需返还（如已被消耗、毁损或无法恢复原状），则应进行折价补偿。折价补偿应基于财产的实际价值及合理利润等因素进行确定。

3. 赔偿损失：

   • 对于因行政协议无效而给相对人造成的损失，有过错的一方应承担赔偿责任。赔偿范围包括直接损失和具有可预见性的间接损失。若双方均有过错，则各自承担相应责任。

4. 追缴财产：

   • 若双方恶意串通损害国家利益、社会公共利益，所取得的财产应收归国家所有或返还集体、第三人。

5. 纠正违法行政行为：

   • 行政机关应纠正导致行政协议无效的违法行政行为，如重新按照法定程序进行行政决策、审批等，并可能对相关责任人员依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

三、实际案例分析

以某行政机关与企业签订的无效合作开发项目协议为例。若该协议因行政机关超越法定职权而被确认无效，行政机关需对公司前期投入的市场调研、专业团队费用等损失承担赔偿责任。同时，行政机关应纠正其超越职权的违法行为，并重新进行合法的行政决策。

四、总结与建议

处理无效行政协议时，行政机关应综合考虑协议的具体内容、双方的过错程度以及实际情况，选择适当的处理方式。同时，行政机关在签订行政协议时应严格遵守法律法规，确保协议的合法性，以避免无效协议带来的法律风险和损失。若遇到复杂或争议较大的情况，建议行政机关及时咨询专业律师或法律机构以获取准确的法律意见。