对于本机关做出的行政申请答复，再答复一次并不能直接作废原答复。以下是对此问题的详细分析：

1. 行政行为的效力：

   • 行政行为一旦作出并送达给相对人，即产生法律效力，除非该行为被依法撤销、变更或确认违法，否则其效力将持续存在。
   • 简单的重复答复或再次答复，并不构成对原行政行为的撤销或变更，因此不能作废原答复。

2. 行政行为的撤销或变更：

   • 行政行为的撤销或变更通常需要遵循法定的程序和条件，如相对人提出行政复议、行政诉讼，或者行政机关自行发现错误并主动纠正。
   • 撤销或变更行政行为需要明确的法律依据和事实根据，不能仅凭行政机关的再次答复来实现。

3. 再次答复的性质：

   • 再次答复可能是对原答复的补充、解释或说明，但并不能直接替代或作废原答复。
   • 如果行政机关认为原答复有误或需要更新，应当通过正式的程序进行撤销、变更或重新作出答复。

综上所述，本机关做出的行政申请答复，再次答复并不能直接作废原答复。如果相对人对原答复有异议，应当通过法定的途径提出复议、诉讼等请求，或者等待行政机关依法进行撤销、变更或重新答复。如有进一步的法律问题，可直接向我咨询。