首先，我要明确的是，水果店因顾客拿了3个苹果就罚款1000元，这一行为很可能涉及不合法的“罚款”行为。在法律上，除非有明确的法律依据（如特定的合同条款或法律规定），否则商家无权对顾客进行罚款。

接下来，我将从几个角度为你分析这个问题，并提供相应的法律建议：

1. 合同角度：

   • 如果水果店与顾客之间签订了书面合同，并且合同中明确规定了关于商品丢失或损坏的赔偿条款，那么商家可以根据合同条款要求顾客赔偿。但赔偿金额应当合理，且不能与“罚款”相混淆。
   • 如果合同中没有相关规定，或者根本没有签订合同，那么商家无权对顾客进行罚款。

2. 法律角度：

   • 根据我国法律，商家不能随意对顾客进行罚款。如果商家坚持要求顾客支付不合理的“罚款”，顾客有权拒绝，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
   • 如果商家的行为构成了侵权或违法行为，顾客还可以依法追究商家的法律责任。

3. 处理建议：

   • 首先，建议顾客与商家进行沟通，明确表达自己对“罚款”行为的异议，并要求商家提供合理的解释和依据。
   • 如果商家坚持不合理要求，顾客可以选择向消费者协会、市场监管部门或公安机关投诉，以维护自己的合法权益。
   • 在必要时，顾客还可以考虑通过法律途径解决纠纷，如提起民事诉讼等。

综上所述，水果店因顾客拿了3个苹果就罚款1000元的行为很可能不合法。顾客应当根据自己的实际情况和法律规定来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。