当公司怀疑员工盗窃但没有证据，且员工已经自行离职时，公司可以按照以下步骤处理：

1. 保持冷静，避免无端指责：

   • 在没有确凿证据的情况下，公司应避免直接指责员工，以免引发不必要的法律风险，如侵犯员工的名誉权。

2. 内部调查，收集证据：

   • 公司可以内部调查，查看监控录像、财物出入记录等，尝试找到与盗窃相关的线索。
   • 梳理公司流程，检查是否有管理上的漏洞或疏忽，以便后续改进。

3. 与员工私下沟通：

   • 如果后续发现新的证据指向该员工，或者公司希望了解员工的离职原因，可以与员工私下沟通，了解情况并要求其作出解释。
   • 在沟通过程中，要注意方式方法，避免给员工造成心理压力。

4. 处理结果：

   • 如果员工承认盗窃行为，公司可以与员工协商解决方案，如要求其归还财物、给予警告处分等（但需注意，此处理方式应基于员工自愿，且不得违反法律法规）。
   • 如果无法证实员工的盗窃行为，公司应停止调查，并恢复员工的正常待遇（尽管员工已离职，但公司应确保处理过程的公正性）。
   • 如果员工离职与公司怀疑的盗窃行为有关，且公司掌握了确凿证据，可以考虑向公安机关报案，由警方进行专业调查处理。

5. 完善管理措施：

   • 无论结果如何，公司都应完善管理措施，建立更严格的安保制度，增加监控设备的覆盖范围，规范财物保管流程等，以预防类似情况再次发生。

6. 法律注意事项：

   • 在整个处理过程中，公司应遵守法律法规，不得私自对员工进行搜身、拘禁等行为。
   • 如果公司需要进一步的法律帮助或咨询，可以联系专业律师进行协助。

综上所述，当公司怀疑员工盗窃但没有证据时，应保持冷静、内部调查、与员工私下沟通，并根据调查结果做出相应处理。同时，公司应完善管理措施，预防类似情况再次发生。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。