员工拿回扣的立案流程一般涉及多个步骤，虽然具体的流程可能会因地区和具体案件类型有所不同，但以下是一个基本的框架，可以参考这个框架来了解一般的立案流程：

一、初步审查与立案决定

1. 案件来源：通常，案件可能来源于内部举报、外部投诉、审计发现或执法检查等途径。
2. 初步审查：相关部门在接到举报或发现线索后，会进行初步审查，以确定是否存在拿回扣等违法违规行为。
3. 立案条件：如果初步审查认为存在违法违规行为，且符合立案条件（如违法事实清楚、证据确凿等），则会决定立案调查。
4. 立案手续：对于符合立案条件的案件，相关部门会及时办理立案手续，包括填写立案报告、确定调查人员等。

二、调查取证

1. 出示执法证件：调查人员在进行调查时，需要出示执法身份证件，以表明执法身份。
2. 现场调查：调查人员会前往现场进行调查，包括询问当事人、查阅相关文件资料、检查财务记录等。
3. 询问笔录：在调查过程中，调查人员会制作询问笔录，记录当事人的陈述和申辩。
4. 取证：调查人员会依法收集证据，包括书证、物证、电子数据等，以证明违法违规行为的存在。

三、告知与听证

1. 告知权利：在作出行政处罚决定前，行政机关应当告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利，如陈述权、申辩权等。
2. 陈述与申辩：当事人有权进行陈述和申辩，对行政机关指控的事实和证据提出异议或进行解释。
3. 听证：对于某些重大或复杂的案件，当事人有权要求举行听证。行政机关在收到听证要求后，应当组织听证，听取当事人的意见和证据。

四、决定与执行

1. 审查决定：调查终结后，行政机关负责人会对调查结果进行审查，并根据不同情况作出决定。如果违法违规行为成立，会依法作出行政处罚决定。
2. 行政处罚决定书：行政机关会制作行政处罚决定书，载明违法违规事实、处罚依据、处罚种类和幅度等内容，并送达当事人。
3. 执行：当事人应当按照行政处罚决定书的要求履行处罚决定。如果拒绝履行或逾期不履行，行政机关有权采取很多强制措施来执行处罚决定。

五、后续监督与申诉

1. 后续监督：行政机关会对当事人的整改情况进行后续监督，以确保其遵守法律法规和行政处罚决定。
2. 申诉：如果当事人对行政处罚决定不服，可以依法向上级行政机关或司法机关提出申诉或行政复议。

需要注意的是，具体的立案流程可能会因地区和案件类型的不同而有所差异。因此，在实际操作中，建议咨询当地相关部门或专业律师以获取准确的指导和帮助。