工地工人的工资发放方式需严格遵守相关法律法规，不能简单地约定每月发放5000元，其余年底发放。下面我将从几个角度详细解释这一问题：

1. 法律法规角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，工资应当按月足额发放，而不能采取部分按月、部分按年的方式。

2. 劳动者权益角度：

   • 工地工人作为劳动者，有权获得按时足额的工资支付。如果工资被部分拖欠至年底发放，将严重影响工人的生活质量和经济权益，甚至可能导致工人面临经济困难。

3. 实际操作角度：

   • 在实际操作中，如果工地采取每月发放部分工资、其余年底发放的方式，很可能因资金流转、项目管理等问题导致工资拖欠或无法按时发放，从而引发劳动纠纷和法律风险。

4. 建议与合规做法：

   • 工地应严格按照法律法规要求，按月足额发放工人工资。如果因项目特殊情况需要调整工资发放方式，应提前与工人协商并达成书面协议，同时确保不违反相关法律法规和损害工人权益。

综上所述，工地工人的工资不能简单地约定每月发放5000元，其余年底发放。这种做法不仅违反法律法规，也损害了工人的合法权益。如有任何关于工资发放方式的疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。