首先，当员工因身体原因晕倒在岗位上并需要就医时，公司应当立即采取以下措施：

1. 紧急救助：确保员工得到及时的医疗救助，可以立即拨打急救电话或将员工送往最近的医疗机构。

2. 通知家属：在员工情况稳定后，及时通知其家属，并告知员工当前的健康状况和所在位置。

接下来，公司还需从以下几个方面进行后续处理：

1. 工伤认定：根据员工的晕倒情况，判断是否可能构成工伤。如果符合工伤条件，公司应协助员工向相关部门申请工伤认定，以便员工能够享受工伤保险待遇。

2. 病假与休假：根据员工的病情和医生的建议，给予员工适当的病假或休假时间，以便其能够充分休息和恢复健康。同时，公司应确保员工在病假或休假期间，其合法权益得到保障。

3. 工作调整：针对员工的身体状况，公司可以考虑对其工作岗位或工作内容进行适当调整，以减轻其工作负担，避免类似情况再次发生。

4. 人文关怀：公司应关注员工的身心健康，定期组织健康检查，提供必要的健康指导和心理支持。同时，可以与员工进行沟通，了解其需求和困难，并尽力提供帮助和支持。

5. 法律合规：在处理员工因身体原因晕倒就医的过程中，公司应确保所有操作都符合相关法律法规的要求，避免产生法律风险。

综上所述，当员工因身体原因晕倒在岗位上并需要就医时，公司应立即采取紧急救助措施，并通知家属。后续还需从工伤认定、病假与休假、工作调整、人文关怀以及法律合规等方面进行妥善处理。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。