接受企业慰问卡1000元用于单位食堂，一般不算违纪。具体分析如下：
首先，我们需要明确“慰问卡”的性质。通常，慰问卡是企业为了表达对员工或其家属的关怀和慰问而发放的一种福利或礼品，其金额往往较小，且带有明确的慰问性质。
其次，关于“用于单位食堂”这一行为。如果慰问卡是明确可以用于食堂消费的，或者企业并未对慰问卡的使用做出具体限制，那么员工将慰问卡用于单位食堂消费，并不构成违纪。因为这种行为并未违反企业的规章制度，也没有损害企业的利益。
然而，也需要注意以下几点：
慰问卡的性质：如果慰问卡并非企业发放的福利，而是有特定用途（如慰问员工家属等）的，那么员工将其用于单位食堂就可能构成违纪，因为这违背了慰问卡的初衷和用途。
企业规章制度：如果企业有明确的规章制度规定慰问卡的使用方式或限制，员工应当遵守。如果违反规定，就可能构成违纪。
金额大小：虽然本题中慰问卡的金额为1000元，但如果金额过大，或者企业有明确规定慰问卡金额的上限，那么员工接受并使用这张慰问卡就可能引发违纪问题。
综上所述，接受企业慰问卡1000元用于单位食堂，在一般情况下并不构成违纪。但具体是否违纪，还需要结合慰问卡的性质、企业规章制度以及金额大小等因素进行综合考虑。如果你对此仍有疑问或担忧，建议咨询企业的相关部门或负责人，以获取更准确的解答。