一审法院启动工程司法鉴定后又不采信，并不一定构成程序违法。具体分析如下：

1. 司法鉴定的启动与采信：

   • 司法鉴定是诉讼过程中，为查明案件事实，由法院委托专业机构对专门性问题进行鉴定的程序。
   • 法院启动司法鉴定，是出于查明案件事实的需要，但鉴定意见并不必然被法院采信。
   • 法院是否采信鉴定意见，取决于鉴定意见的合法性、客观性和关联性，以及与其他证据之间的相互印证情况。

2. 程序违法的判断：

   • 程序违法是指法院在诉讼过程中，违反了法律规定的诉讼程序，影响了案件的公正审理。
   • 法院启动司法鉴定后又不采信，并不直接等同于程序违法。关键在于法院是否依法进行了鉴定程序，以及是否依法对鉴定意见进行了审查和判断。
   • 如果法院在启动鉴定、委托鉴定机构、监督鉴定过程等方面均符合法律规定，且在对鉴定意见进行审查时，依法进行了全面、客观的评估，那么即使最终不采信鉴定意见，也不构成程序违法。

3. 可能的情况分析：

   • 鉴定意见存在瑕疵或错误，法院依法不予采信。这种情况下，法院的行为是合法的，不构成程序违法。
   • 鉴定意见与其他证据存在矛盾，法院综合考量后决定不予采信。这也是法院依法行使审判权的体现，不构成程序违法。
   • 法院在启动鉴定或审查鉴定意见时存在违法行为，如未依法委托鉴定机构、未对鉴定过程进行监督等。这种情况下，法院的行为可能构成程序违法。

综上所述，一审法院启动工程司法鉴定后又不采信，并不一定构成程序违法。关键在于法院是否依法进行了鉴定程序和审查判断。如果您对此类问题有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。