针对您提出的“建设工程案件法院通知鉴定被告不配合鉴定会怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

在建设工程案件中，如果法院通知进行鉴定，而被告不配合，法院会根据具体情况采取一系列措施来处理这一问题。

首先，法院会依据查明案件事实的需要，主动委托鉴定机构进行鉴定。这是法院为了保障案件审理的公正性和准确性而采取的必要措施。即使被告不配合，法院也有权力和义务去推动鉴定的进行。

其次，如果鉴定事项对于案件事实的查明起着关键作用，并且被告没有正当理由拒不配合，法院有权根据原告的申请以及现有的证据，作出对被告不利的认定。例如，如果被告拒绝提供相关的鉴定材料，导致鉴定无法进行，那么被告可能会承担证据失效等法律后果。这意味着，在后续的案件审理中，法院可能会倾向于采信原告的主张，对被告产生不利的影响。

此外，法院还会综合考虑被告不配合鉴定的原因等具体情况，作出合理的裁决。如果被告的行为严重妨碍了案件的审理和鉴定工作的进行，法院有权对其采取罚款、拘留等强制措施，以维护司法秩序和诉讼的正常进行。

总的来说，被告不配合鉴定可能会面临多种不利的法律后果，包括证据失效、不利的事实认定以及可能的强制措施等。因此，在建设工程案件中，如果被告收到了法院的鉴定通知，应该积极配合鉴定工作，提供必要的鉴定材料和协助，以避免不必要的法律风险和后果。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。