申请鉴定法院不予同意，并不一定构成程序违法，其合法性需根据具体情况及拒绝理由来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法院不予同意鉴定可能合法的情形
申请不符合法定条件或程序：
- 如果当事人的鉴定申请不符合法律规定的时间、方式或条件，例如在举证期限届满后才提出且无正当理由，法院为维护诉讼程序的有序进行，有权拒绝鉴定申请。
- 实例说明：在某合同纠纷案件中，一方当事人在庭审结束后才提出对合同文本进行笔迹鉴定的申请，且未提供合理理由，法院因此拒绝该申请，这是合法的。
鉴定必要性不足：
- 法院根据案件现有证据及对事实的判断，认为已有证据足以认定相关事实，或待鉴定事项对案件最终裁判结果无实质性影响时，为提高诉讼效率、避免资源浪费，可拒绝鉴定申请。
- 实例说明：在借贷纠纷案件中，双方对借款金额和借款事实均无争议，仅对还款时间有分歧，此时一方当事人申请对借款交付时的天气情况进行鉴定，法院认为该鉴定事项对证明借款事实无意义而拒绝，是合理合法的。
不具备鉴定条件：
- 当拟鉴定事项缺乏科学鉴定方法或标准，或现有技术水平无法有效鉴定时，法院考虑到鉴定结果的可靠性难以保障，可作出拒绝鉴定的决定。
- 实例说明：在某医疗纠纷案件中，患者申请对某种新型药物的长期副作用进行鉴定，但目前医学界尚无对该药物长期副作用的科学鉴定方法，法院因此拒绝该申请，是合法的。
当事人自身原因：
- 当事人超过指定申请鉴定期限、无正当理由不提出鉴定申请、不预交鉴定费用或拒不提供相关鉴定材料等情况，法院均有权拒绝司法鉴定申请。
- 实例说明：在某环境污染损害赔偿案件中，法院指定了鉴定申请期间，并要求当事人预交鉴定费用，但一方当事人在指定期间内未提出申请且未预交费用，法院因此拒绝其鉴定申请，是合法的。
二、法院不予同意鉴定可能违法的情形
无正当理由拒绝符合法定条件的鉴定申请：
- 如果法院无正当理由拒绝当事人的鉴定申请，导致案件事实无法查清，可能影响公正审判的，可能构成程序违法。
- 实例说明：在医疗纠纷案件中，患者一方申请对医疗过错与损害结果之间的因果关系进行鉴定，该申请对查明案件事实至关重要，且提供了初步证据，法院若无正当理由拒绝，则可能构成程序违法。
违反相关司法解释的规定：
- 法院在特定情形下应依职权委托鉴定或向当事人释明并指定鉴定申请期间，若违反这些规定未进行鉴定，则可能构成程序违法。
- 实例说明：在环境污染损害赔偿案件中，涉及污染物成分、污染程度等专门性问题的鉴定，法院若未按规定处理，无故不允许鉴定，则可能构成程序违法。
三、当事人的救济途径
上诉或再审：
- 如果当事人认为法院不同意鉴定的决定构成程序违法，可以在上诉或再审程序中提出异议，请求上级法院予以纠正。
申请监督：
- 当事人还可以向检察机关申请监督，由检察机关对法院的审判活动进行监督，确保司法公正。
总结来看，法院不予同意鉴定申请是否构成程序违法，需根据具体情况和法律规定进行判断。当事人在申请鉴定时，应确保申请事项与案件事实相关、对证明待证事实有意义，并在法定期间内提出。法院在处理鉴定申请时，应依法行使裁量权，确保案件的公正、高效审理。若您对此有进一步疑问或需要具体法律帮助，请直接向我咨询。