当法院要求不在同一户口簿的母子出具原告与代理人关系证明时，您可以按照以下步骤来准备这份证明：

一、明确证明内容

首先，这份证明需要明确表述出原告与代理人之间的母子关系。由于二者不在同一户口簿上，因此需要通过其他方式来证明这一关系。

二、收集证明材料

1. 出生证明：如果代理人是原告的子女，那么出生证明是最直接且有效的证据。它通常记录了出生时的父母信息，可以有力地证明母子关系。

2. 户籍证明：虽然不在同一户口簿上，但可以尝试从各自的户籍所在地获取户籍证明，这些证明中可能包含家庭关系信息。

3. 人事档案：如果原告或代理人曾就职于某些单位，这些单位的人事档案中可能包含家庭关系记录。

4. 居（村）委会证明：如果上述证明材料难以获取，可以向原告或代理人的居住地居（村）委会申请出具证明，证实二者的母子关系。

5. 其他证据：如原告与代理人在日常生活中的合照、书信往来、共同生活的证据等，虽然这些证据的效力可能较低，但在没有其他证据的情况下，也可以作为辅助证明。

三、撰写证明文本

在收集到足够的证明材料后，可以撰写证明文本。以下是一个简单的范本：

母子关系证明

兹证明，___（原告姓名），性别，身份证号码，与（代理人姓名），性别，身份证号码___，系母子关系。

证明依据如下：

1. 出生证明（编号/复印件附后）；
2. 户籍证明（编号/复印件附后）；
3. 人事档案记录（单位名称/复印件附后）；
4. 居（村）委会证明（证明编号/复印件附后）；
5. 其他证据（具体描述/复印件附后）。

特此证明。

证明单位（盖章）： 证明日期：__年月__日

四、提交证明

将撰写好的证明文本及所有收集到的证明材料一并提交给法院。如果法院有特定的格式或要求，务必按照法院的要求进行准备和提交。

五、注意事项

1. 真实性：所有提交的证据和证明内容必须真实有效，不得有虚假或夸大之处。
2. 完整性：尽量提供多种证据来支持母子关系的证明，以增加证明的效力。
3. 时效性：注意证明的时效性，确保所有提供的证据都是最新的或具有法律效力的。

通过以上步骤，您应该能够准备出一份符合法院要求的原告与代理人关系证明。