针对您提出的“合同中约定发票不合格的违约责任是否适用未提供发票行为”这一问题，我的结论是：发票不合格的违约责任与未提供发票行为的责任在合同中应分别约定，两者并不自动等同或适用。下面我将从几个角度详细解释这一结论。
合同约定的明确性：
- 合同中对于发票不合格和未提供发票两种行为，应当有明确的条款分别规定其违约责任。如果合同仅规定了发票不合格的违约责任，而未明确提及未提供发票的情况，那么按照合同的明确性原则，未提供发票的行为不能直接适用发票不合格的违约责任条款。
违约行为的性质差异：
- 发票不合格可能涉及发票的内容、格式、真实性等方面的问题，而未提供发票则是完全未履行提供发票的义务。这两种违约行为的性质、后果及严重性可能各不相同，因此，在合同中应针对其各自的特点分别约定相应的违约责任。
法律原则的适用：
- 根据合同法的基本原则，当事人应当全面、诚实地履行合同义务。对于未提供发票的行为，如果合同中没有明确约定其违约责任，但根据合同的性质、目的及交易习惯，提供发票是合同的重要义务之一，那么未提供发票可能构成违约，并应承担相应的违约责任。但这种责任并非直接适用发票不合格的违约责任条款，而是基于合同法的一般规定和原则来确定的。
实践中的处理：
- 在实际操作中，如果合同中没有明确约定未提供发票的违约责任，而发生了未提供发票的情况，当事人可以通过协商、补充协议或依据合同法的相关规定来寻求救济。例如，可以要求违约方承担因此产生的额外税费、损失或违约金等。
综上所述，合同中约定发票不合格的违约责任并不自动适用于未提供发票的行为。为了确保合同的全面履行和权益的有效保护，建议在合同中明确约定各种违约行为的责任承担方式，包括发票不合格和未提供发票等情况。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。