男方患有传染疾病时，孩子的抚养权依然可以协议确定。以下是详细分析：

一. 抚养权协议的可能性

• 男方患有传染疾病，并不直接排除双方通过协议确定孩子抚养权的可能性。
• 根据《民法典》的相关规定，父母双方对抚养问题有协议的自由，只要协议内容不违反法律法规，不损害孩子的合法权益，即具有法律效力。

二. 协议时需要考虑的因素

• 在协议确定抚养权时，双方应充分考虑男方的传染疾病对孩子的健康可能产生的影响。
• 如果男方的疾病不会对孩子的健康造成显著影响，且男方具备抚养孩子的能力，那么协议由男方抚养孩子是可行的。
• 如果男方的疾病可能对孩子的健康造成严重威胁，或者男方在其他方面不利于孩子的成长，那么协议时应更倾向于由女方或其他有利于孩子健康成长的一方抚养。

三. 协议不成时的处理

• 如果双方无法就抚养权达成协议，可以诉诸法院，由法院根据双方的具体情况和孩子的最佳利益进行判决。
• 法院在判决时会综合考虑父母的抚养能力、抚养条件、对孩子的关爱程度以及男方的传染疾病对孩子的健康可能产生的影响等因素。

我建议：在协议确定抚养权时，双方应充分沟通，理性协商，确保协议内容既符合法律法规，又有利于孩子的健康成长。如果协议不成，可以寻求法院的帮助，由法院进行公正裁决。同时，无论抚养权最终归谁，都应确保孩子得到充分的关爱和照顾，保障其健康成长。如有进一步需要，您可以继续咨询我。