因骑手超时未送达而申请退款，商家不同意时，消费者可以依法要求商家承担违约责任，赔偿损失。以下是具体的法律分析：

一. 商家应承担的违约责任

• 根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在此案例中，商家未能按照约定的时间送达商品，即未履行合同义务，因此应承担违约责任。

二. 消费者的权利

• 消费者享有对商品和服务进行监督的权利，包括对商家未按时送达并拒绝退款的行为进行检举和控告，这是由《中华人民共和国消费者权益保护法》第十五条所保障的。
• 若商家拒绝退款，消费者可以依据《中华人民共和国民法典》第一百七十九条的规定，要求商家承担赔偿损失的责任。

三. 实际操作建议

• 首先，消费者应与商家进行协商，要求商家因骑手超时未送达而退款。
• 若商家拒绝退款，消费者可以保存相关证据（如订单截图、超时记录等），向市场监督管理部门或消费者协会进行投诉，要求商家承担违约责任并赔偿损失。
• 若投诉无果，消费者还可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼。

综上所述，因骑手超时未送达而申请退款，商家不同意时，消费者可以依法要求商家承担违约责任并赔偿损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。