针对“骑手订单超时顾客申请退款扣骑手钱吗”这一问题，以下是我的详细解答：
结论：骑手订单超时导致顾客申请退款时，是否会扣骑手的钱，需根据具体情况及平台规定来判断。
分析说明：
商家原因导致超时：
- 若超时是由于商家出餐慢、食材准备不充分等商家原因导致的，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，商家未按时提供商品构成违约，需承担退款及赔偿责任。此时，退款的费用由商家承担，通常不会直接扣除骑手的费用。
骑手原因导致超时：
- 若超时是由于骑手接单过多、对路线不熟悉、配送途中出现意外等骑手原因导致的，平台通常会先对消费者进行退款处理。随后，平台会根据与骑手的协议进行内部追偿，如扣除骑手的绩效、奖金等。因此，在这种情况下，虽然退款先由平台处理，但最终费用可能会间接由骑手承担一部分。
不可抗力或其他特殊原因导致超时：
- 若超时是由于极端恶劣天气、突发交通管制、道路施工等不可抗力或特殊情况导致的，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。此时，费用的承担需结合实际情况和平台规定，可能由平台、商家、骑手三方协商分担，或平台为维护用户体验先行承担而不向其他方追偿。
建议与操作指南：
- 作为骑手，应尽可能避免超时情况的发生，合理规划配送路线和时间。
- 在遇到超时退款问题时，骑手应及时与平台沟通，了解超时原因及退款政策。
- 若因骑手原因导致超时并需承担相应费用时，骑手应积极配合平台的处理决定，并努力改进配送效率。
综上所述，骑手订单超时导致顾客申请退款时，是否会扣骑手的钱需根据具体情况及平台规定来判断。骑手应充分了解平台的相关规定和政策，以便在遇到问题时能够妥善处理。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。