公司赔偿时，通常是按照应发工资来赔付。这一原则适用于多种赔偿情形，包括经济补偿、工伤赔偿及未休年假工资等，并受到相关法律法规的明确支持。以下是对此结论的详细阐述：

1. 赔偿工资的计算基础：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关实施条例，公司赔偿时的工资计算基数通常按照劳动者的应发工资来确定。应发工资是指劳动者在提供正常劳动情况下，用人单位应当支付给劳动者的全部工资报酬，这包括了基本工资、津贴、补贴、奖金等货币性收入。

2. 具体赔偿事项中的工资计算：

   • 经济补偿：用人单位在某些情形下需向劳动者支付经济补偿，按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准执行。这里的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，且为应发工资。
   • 工伤赔偿：职工因工作受伤或患职业病需暂停工作接受医疗的，停工留薪期内原工资福利待遇不变，按月支付，同样指应发工资。其他工伤待遇，如一次性伤残补助金等，也通常以本人工资为基数计算。
   • 未休年假工资：对职工应休未休的年休假天数，单位应按该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬，日工资也是按应发工资除以月计薪天数（21.75天）折算。

3. 特殊情况处理：

   • 若劳动者工作不满十二个月，则按实际工作的月数计算平均工资。
   • 若月平均工资低于当地最低工资标准，按最低工资标准计算。
   • 若月平均工资高于当地职工月平均工资三倍，则按三倍数额支付，最高不超过十二年。

4. 法规依据：

   • 《中华人民共和国劳动合同法》及其实施条例明确规定了经济补偿和工资计算的相关条款，强调应发工资作为计算基数。
   • 在特定情况下，如用人单位违法解除或终止劳动合同，可能需支付更高的赔偿金，通常为经济补偿金的二倍，计算基数同样为应发工资。

综上所述，公司赔偿时通常是按照应发工资来赔付的。这一原则在多种赔偿事项中均得到体现，并受到法律的明确保护。在处理相关问题时，应严格遵守法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果您有具体的赔偿问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。