地方政府让注册一个关联公司开发票是不合法的。下面我将从法律角度对此进行详细分析：

一. 地方政府无权要求注册关联公司开发票

1. 政府行为应遵循法律法规：地方政府作为行政机关，其所有行为都应当严格遵循国家法律法规的规定。要求企业注册关联公司并开具发票，这种行为如果无法律依据，则属于违法行为。
2. 税收管理有严格规定：发票的开具和管理受到《中华人民共和国税收征收管理法》等税收法律法规的严格规范。地方政府不能随意要求企业通过特定方式开具发票，这可能会干扰正常的税收秩序。

二. 可能涉及的法律风险

1. 偷税漏税风险：如果地方政府要求企业通过关联公司开具发票，而该关联公司并未实际提供相应服务或商品，这可能构成虚开发票的行为，进而涉嫌偷税漏税。
2. 法律责任：企业如果按照地方政府的不当要求行事，可能会因此承担法律责任，包括税务处罚、行政处罚甚至刑事责任。

三. 应对策略

1. 咨询专业意见：面对地方政府的不当要求，企业应当咨询专业律师或税务师的意见，明确自身法律义务和权益。
2. 拒绝不当要求：如果确认地方政府的要求违法，企业应当明确拒绝，并可以通过法律途径维护自身合法权益。

我建议：企业在面对地方政府提出的注册关联公司开发票的要求时，应谨慎对待，务必咨询专业法律意见，确保自身行为合法合规。如有进一步需要，您可以继续咨询我。