关联公司代开发票是否违法，需根据具体情况和相关法律规定进行综合判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一、合法代开发票的情形
税务机关代开：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第十六条，需要临时使用发票的单位和个人，可以凭购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动的书面证明、经办人身份证明，直接向经营地税务机关申请代开发票。这种情况下，关联公司若作为临时使用发票的单位，通过合法程序向税务机关申请代开发票，是合法的。
特定业务场景下的代开：
- 在某些特定业务场景下，如一方为小规模纳税人或未办理税务登记的个人，而另一方为一般纳税人，且双方存在真实的交易关系时，可能存在由一般纳税人代开增值税专用发票的情况。但这种情况需严格符合税务机关的规定，并确保交易的真实性和合法性。
二、违法代开发票的情形
无真实交易背景代开：
- 如果关联公司之间没有真实的交易背景，而仅仅是为了套取发票、虚增成本或逃避税收等目的而代开发票，则构成违法行为。这种行为可能涉及虚开发票罪，根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条之一，虚开本法第二百零五条规定以外的其他发票，情节严重的，处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
超越税务机关授权代开：
- 即使存在真实的交易背景，但如果关联公司未经税务机关授权或违反税务机关的规定代开发票，也可能构成违法行为。例如，未经税务机关批准擅自扩大代开发票范围、提高代开发票限额等。
利用代开发票进行其他违法活动：
- 如果关联公司利用代开发票进行洗钱、贪污、贿赂等其他违法活动，则不仅构成发票违法行为，还可能涉及其他刑事犯罪。
三、法律后果与风险防范
法律后果：
- 违法代开发票可能面临税务机关的行政处罚，包括罚款、没收违法所得等。同时，如果构成犯罪，还可能面临刑事处罚。
风险防范：
- 关联公司之间应确保交易的真实性和合法性，避免无真实交易背景的代开发票行为。
- 如需代开发票，应严格按照税务机关的规定和程序进行申请和开具。
- 加强内部管理，建立健全的发票管理制度和风险控制机制，防止违法代开发票行为的发生。
总结与建议：关联公司代开发票是否违法，需根据具体情况和相关法律规定进行综合判断。为确保合法合规，建议关联公司在代开发票前咨询专业税务律师或税务机关的意见，并严格按照规定和程序进行操作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。