结论前置：建设单位擅自使用分包工程时，总承包人是否需要支付工程款，需根据具体情况分析。若分包工程已完工且质量合格，总承包人通常需支付工程款；若分包工程未完工或存在质量问题，总承包人可能有权拒绝支付或要求减付工程款。

分析说明：

1. 分包工程已完工且质量合格：

   • 在这种情况下，即使建设单位擅自使用了分包工程，总承包人仍然有义务按照合同约定支付工程款。因为工程款的支付通常与工程的完成情况和质量直接相关，而擅自使用并不影响工程已完成且质量合格的事实。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国合同法》及相关司法解释，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。工程完工并验收合格后，承包人有权要求发包人支付工程款。

2. 分包工程未完工或存在质量问题：

   • 若分包工程尚未完工或存在质量问题，总承包人可能有权拒绝支付或要求减付工程款。因为此时工程并未达到合同约定的支付条件，擅自使用并不能改变这一事实。
   • 法律依据及处理方式：总承包人可以依据合同约定及《中华人民共和国合同法》的相关规定，向建设单位提出抗辩，要求先完成工程或修复质量问题后再支付工程款。若双方无法达成一致，可通过诉讼或仲裁方式解决争议。

总结与建议：

• 在处理此类纠纷时，总承包人应首先确认分包工程的完成情况和质量状况，以确定自身是否负有支付工程款的义务。
• 若建设单位擅自使用分包工程且工程存在争议，总承包人应及时采取法律措施保护自身权益，避免不必要的损失。
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