公司迟到罚款50并不合法。具体分析如下：

一. 公司无权对迟到员工进行罚款

• 罚款是计划经济时代的产物，随着《企业职工奖惩条例》的废止，用人单位对劳动者的经济处罚权已经丧失了法律基础。因此，目前用人单位对劳动者进行罚款的任何规章制度均属无效制度。
• 法律赋予了用人单位与劳动者共同协商构建内部管理制度的权利，但这种权利应当在法律框架范围内行使。用人单位可以通过绩效考核的方式在工资结构上加以调整，通过降低绩效评分的方式扣减工资，而非直接罚款。

二. 公司可以通过其他方式管理员工迟到问题

• 用人单位可以在规章制度或员工手册中设立“月考核奖或年考核奖”等类型的综合考核奖项，范围可包括出勤、安全、质量、劳动纪律等方面，来行使管理权和规范员工行为。
• 如果劳动者达到规章制度规定的考核要求，则全额享受奖励，否则就按比例或不能享受奖励。但用人单位要确保员工获得的工资符合当地最低工资标准的要求。

三. 法律依据

• 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
• 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”
• 根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付，逾期不支付的，还需向劳动者加付赔偿金。

综上所述，公司迟到罚款50并不合法，公司应通过合法且合理的方式管理员工的迟到问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。