收到劳动监察询问通知书后，公司应当采取以下步骤来妥善处理：
首先，要仔细阅读并理解通知书的全部内容，确保清楚了解劳动保障执法部门的询问目的和具体要求。这通常涉及公司在工资发放、工时安排、签订劳动合同、规章制度、社保参保等方面是否存在违法违规情况的调查。
接下来，公司需要按照通知书的要求，准备并提交相关的书面材料。这些材料可能包括但不限于：
营业执照及复印件、授权材料：用于确认公司身份和接受询问人员的代表权限。
职工名册：作为公司法定义务，用于备查员工信息。
工资发放相关材料：如工资发放签收表、转账凭证等，以证明工资是否按时足额发放，是否存在拖欠或低于最低工资标准的情况。
考勤记录：包括考勤记录表、排班表等，用于查明公司是否违法安排员工超长加班。
员工劳动合同：部分员工的劳动合同，以核实公司是否与劳动者签订了劳动合同，合同内容是否合法，以及是否将合同交给劳动者一份。
公司规章制度：用于检查公司规章制度是否存在违法违规情形。
社保参保记录：证明公司是否依法为员工参加了社会保险。
其他要求的材料：根据劳动保障执法部门的特定需求，可能需要提供其他相关材料。
在准备材料的过程中，公司应当确保所有材料的真实性、完整性和准确性。同时，公司应当积极配合劳动保障执法部门的询问调查，对询问的事项依法依规陈述意见，并维护自身的合法权益。
最后，如果公司在调查过程中发现存在任何违法违规情况，应当立即进行整改，并主动与劳动保障执法部门沟通，寻求合法的解决方案。通过积极配合和主动整改，公司可以降低潜在的法律风险，并维护良好的劳资关系。