关于“借款已超过三年诉讼时效后又归还了部分款项，如何计算诉讼时效”的问题，以下是我的详细解答：

结论前置

在借款已超过三年诉讼时效后，如果债务人又归还了部分款项，这通常不会重新起算诉讼时效，但可能构成对原债务的重新确认，从而影响债权的法律效力。具体判决需根据案件的具体情况和法院的认定。

详细分析

1. 诉讼时效的基本概念：

   • 诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即丧失请求人民法院依法保护其民事权利的法律制度。
   • 在我国，一般的诉讼时效期间为三年。

2. 超过诉讼时效后的法律后果：

   • 超过诉讼时效后，权利人起诉到法院，如果债务人以超过诉讼时效为由进行抗辩，法院通常会驳回权利人的诉讼请求。
   • 但这并不意味着债务就此消灭，只是权利人丧失了通过诉讼程序强制债务人履行债务的权利。

3. 部分还款对诉讼时效的影响：

   • 如果债务人在超过诉讼时效后又归还了部分款项，这通常被视为债务人自愿履行债务的行为，而不是诉讼时效的重新起算。
   • 部分还款可能构成对原债务的重新确认，即债务人通过实际行动表明其愿意继续履行债务。这种重新确认可能使债权在法律上得到一定程度的保护，但具体效果需根据法院认定。

4. 相关判决案例：

   • 在实际案例中，法院对于超过诉讼时效后的部分还款行为，通常会结合案件的具体情况进行审理和判决。
   • 有些案例中，法院认为部分还款构成对原债务的重新确认，从而认定债权仍然有效；而有些案例中，法院则可能认为部分还款只是债务人的自愿行为，并不构成对原债务的重新确认。

5. 法律建议：

   • 对于债权人来说，如果借款已经超过诉讼时效，应尽快与债务人协商还款事宜，并尽量让债务人作出明确的还款承诺或签订还款协议，以确保债权的法律效力。
   • 对于债务人来说，如果已经超过诉讼时效但又归还了部分款项，应保留好相关证据，以证明自己的还款行为是出于自愿，并避免未来可能的法律纠纷。

综上所述，借款已超过三年诉讼时效后又归还了部分款项，并不会重新起算诉讼时效。但部分还款可能构成对原债务的重新确认，从而影响债权的法律效力。具体判决需根据案件的具体情况和法院的认定。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。