政府拆迁员工补偿款由房屋征收部门发放。具体分析如下：

1. 发放主体：

   • 根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第四条的规定，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作，并确定房屋征收部门来组织实施这一工作。这意味着，在拆迁过程中，拆迁补偿款的发放工作是由市、县级人民政府确定的房屋征收部门来负责的。

2. 发放流程：

   • 拆迁补偿的流程包括进行摸底调查、选定评估机构、报请政府批准、组织专家论证、征求公众意见、公布补偿方案、进行风险评估、作出决定征收、公布征收决定、公布评估结果等多个环节。在这些环节完成后，房屋征收部门会按照拆迁补偿协议，将补偿款发放给被拆迁人。

3. 特殊情况：

   • 如果是商业拆迁，补偿款则由商业开发企业承担，企业与被拆迁人签订协议并按约定支付补偿款。
   • 若拆迁补偿款发放主体不符或一直拖欠，被拆迁人可以通过收集证据、沟通协商、启动行政复议或行政诉讼等方式来维权。

综上所述，政府拆迁员工补偿款由房屋征收部门依法发放。被拆迁人在领取拆迁补偿款时，应当与房屋征收部门进行对接，确保其合法权益得到保障。如果有任何疑问或问题，可以直接向我咨询。