拆迁补偿款的发放部门主要依据具体的拆迁情况和相关法律法规来确定。一般来说，拆迁补偿款由房屋征收部门依法发放。根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定，市、县级人民政府负责本行政区域的房屋征收与补偿工作，并确定房屋征收部门来组织实施。这些部门会与被拆迁人签订拆迁补偿协议，并按照协议内容发放补偿款。

然而，在某些情况下，如涉及农村集体土地的拆迁，拆迁补偿款的发放可能会涉及县级人民政府中的土管部门和村委会。具体流程中，县级国土资源局会发布征地公告，县级人民政府和村委会会发布征地安置补偿方案公告，并组织公示。在签订拆迁补偿协议后，土管部门和村委会便会负责发放征地拆迁款。

此外，拆迁补偿款的具体计算标准包括市场评估价、商品房交易均价以及重置价等，这些标准会由专业的估价机构进行估算和判定。

在拆迁补偿款发放过程中，可能会遇到一些问题，如补偿款金额不符、发放时间延误等。为确保拆迁款的准确、及时发放，被拆迁方应与拆迁方在签订补偿协议时明确补偿金额和发放时间，并保留好相关证据。如果拆迁款发放过程中出现问题，被拆迁方有权向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

综上所述，拆迁补偿款的发放部门可能因具体情况而异，但通常是由房屋征收部门或土管部门及村委会负责。在拆迁过程中，被拆迁方应了解自己的权益和维权途径，并确保拆迁补偿款的准确、及时发放。