学校因学生不在学校合作的企业实习而不给毕业证的行为违法。

一. 学校无权因实习单位问题扣发毕业证

1. 教育法规定：根据《中华人民共和国教育法》的相关规定，学校应当按照国家有关规定，颁发学历证书或者其他学业证书。学校无权因为学生不在学校合作的企业实习而扣发毕业证，这是违反教育法规定的行为。
2. 毕业证发放条件：毕业证的发放应当基于学生是否完成学业、是否达到毕业要求，而不是基于学生是否在学校合作的企业实习。学校应当根据学生的学业成绩和毕业要求来决定是否颁发毕业证。

二. 学生实习与毕业证的关系

1. 实习的性质：实习是学生为了提升实践能力、了解职业环境而进行的一种学习活动，它并不是毕业的必要条件。虽然学校可能会鼓励学生参与实习，但不能将实习作为颁发毕业证的唯一或决定性条件。
2. 自主选择实习单位：学生有权自主选择实习单位，学校无权强制学生必须在学校合作的企业实习。如果学校因为学生选择了其他实习单位而扣发毕业证，这是对学生自主选择权的侵犯。

三. 应对建议

1. 与学校沟通：首先，你可以尝试与学校进行沟通，解释你选择其他实习单位的原因，并表达你对毕业证发放的担忧。如果学校能够理解并接受你的解释，那么问题可能就此解决。
2. 寻求法律帮助：如果学校坚持因实习单位问题扣发毕业证，你可以考虑寻求法律帮助。你可以向当地教育部门或法律援助机构咨询，了解你的权益和可能的法律途径。

我建议，如果你遇到了这样的问题，首先尝试与学校进行理性沟通。如果沟通无果，再考虑通过法律途径来维护自己的权益。同时，也要提醒你，选择实习单位时应当考虑自己的职业规划和兴趣，不要因为学校的压力而做出违背自己意愿的选择。如有进一步需要，您可以继续咨询我。