法院在判定农民工是否存在事实劳动关系时，会综合考虑多个方面，以下是一些关键要点：

1. 主体资格要求：

   • 用人单位需具备合法的用人资格，如经过合法注册登记等。
   • 农民工需达到法定就业年龄，并具备相应的劳动能力。

2. 认定相关凭证：

   • 工资支付凭证或记录、缴纳各项社会保险费的记录，这些能证明单位与农民工存在经济关联。
   • 用人单位向农民工发放的“工作证”、“服务证”等能证明身份的证件。
   • 农民工填写的用人单位招工招聘“登记表”、“报名表”等招用记录。
   • 考勤记录，反映农民工的工作出勤情况。
   • 其他劳动者的证言，如工友的证人证言，也有助于证明劳动关系。

3. 劳动关系的本质特征：

   • 农民工是否受单位管理，从事单位安排的有报酬的劳动。
   • 农民工提供的劳动是否是单位业务的组成部分。

4. 举证责任：

   • 对于工资支付凭证、招用记录、考勤记录等有关凭证，由用人单位承担举证责任。

5. 争议解决途径：

   • 若农民工与单位就事实劳动关系存在争议，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 仲裁委员会会根据双方提供的证据等，依法作出裁决。

综上所述，法院在判定农民工是否存在事实劳动关系时，会综合考虑主体资格、相关凭证、劳动关系的本质特征以及举证责任等方面。若双方争议无法协商解决，农民工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自身合法权益。