动物集贸市场不符合防疫条件而获得的收入能适用没收违法所得。具体分析如下：

一. 违法所得的定义

• 根据农业部办公厅关于《中华人民共和国动物防疫法》违法所得问题的函，“违法所得”是指违反《动物防疫法》规定从事动物诊疗活动所取得的全部收入。此定义虽直接针对动物诊疗活动，但同理可推广至动物集贸市场的经营活动，即违反动物防疫条件而获得的收入也应视为违法所得。

二. 对不符合防疫条件的集贸市场的处罚

• 根据《动物防疫条件审查办法》第三十七条，经营动物和动物产品的集贸市场不符合动物防疫条件的，由动物卫生监督机构责令改正；拒不改正的，处五千元以上两万元以下的罚款，并通报同级工商行政管理部门依法处理。此条款虽未直接提及没收违法所得，但结合违法所得的定义，对违反防疫条件的行为进行处罚时，没收违法所得应是一种合理的处罚措施。

三. 法律适用的逻辑

• 既然违反《动物防疫法》规定从事相关活动所取得的收入被视为违法所得，那么动物集贸市场在不符合防疫条件下获得的收入，作为违法所得的一部分，理应受到相应的法律制裁，包括没收违法所得。

我建议，对于动物集贸市场不符合防疫条件而获得的收入，相关部门在依法进行处罚时，应将其视为违法所得予以没收，以维护动物防疫秩序和公共利益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。