厂长故意扣着工资不给是违法的。

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。除非存在法定允许扣除的情形，如代扣代缴的个人所得税、社会保险费用等，否则任何形式的扣工资行为都是不合法的。

具体来说，如果厂长没有正当理由，或者违反了相关法律法规和公司规章制度来扣除员工工资，那么这种行为就构成了违法。员工有权要求厂长说明扣工资的理由，并提供相应证据。如果厂长无法提供合理的解释和证据，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

因此，如果你遇到了厂长故意扣着工资不给的情况，建议先与厂长进行沟通协商，要求解释扣工资的原因并提供证据。如果协商不成，可以及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。