乡镇卫生院领导上48小时休96小时是否合法，需根据具体的工作制度及劳动法相关规定来判断。

首先，我们要明确的是，劳动法对于工作时间和休息休假有着明确的规定。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过44小时。同时，劳动法也规定了劳动者享有休息、休假的权利，并且用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。

对于乡镇卫生院领导的工作时间安排，如果其属于标准工时制度下的劳动者，那么其工作时间和休息休假应当遵循上述劳动法的规定。也就是说，如果其工作时间安排超过了每日8小时或每周44小时，或者没有保证每周至少休息一日，那么这种工作安排就可能存在违法的情况。

然而，如果乡镇卫生院领导属于不定时工作制或综合计算工时工作制的劳动者，那么其工作时间和休息休假的安排可能会有所不同。这两种工作制下的劳动者，其工作时间和休息休假的安排需要由用人单位根据实际情况进行申报，并经劳动行政部门审批。如果乡镇卫生院领导的工作时间安排符合经批准的不定时工作制或综合计算工时工作制的要求，那么其上48小时休96小时的工作安排就可能是合法的。

综上所述，要判断乡镇卫生院领导上48小时休96小时是否合法，需要具体了解其工作制度以及劳动法的相关规定。如果其工作时间安排超过了劳动法规定的标准工时制度下的工作时间和休息休假要求，或者没有按照经批准的不定时工作制或综合计算工时工作制的要求进行安排，那么这种工作安排就可能存在违法的情况。如有进一步疑问或需要具体法律建议，请直接向我咨询。