针对您提出的“员工做了劳动能力鉴定结论书后恶意延期交给用人单位怎么处理”的问题，以下是我的详细解答：
首先，明确结论：用人单位在面对员工恶意延期提交劳动能力鉴定结论书的情况时，应首先尝试与员工进行沟通，了解延期的原因，并根据具体情况采取相应的处理措施。若沟通无果或员工行为构成严重违规，用人单位可依据公司规章制度及法律法规进行相应处理。
具体处理建议如下：
沟通了解：
- 与员工进行面对面或电话沟通，了解其延期提交的具体原因。
- 强调劳动能力鉴定结论书对于工伤认定、待遇享受等的重要性，以及延期提交可能带来的不利影响。
依据规章制度处理：
- 查阅公司规章制度，明确是否有关于劳动能力鉴定结论书提交时间的规定。
- 若员工无故延期提交，且违反公司规章制度，可按照规章制度进行处罚，如警告、罚款、降职等。
法律途径：
- 若员工的行为构成严重违规，且对公司造成了较大损失，用人单位可考虑通过法律途径维护自身权益。
- 咨询专业律师（在这里即我本人），了解具体法律条款及诉讼流程，准备相关证据材料，提起诉讼或仲裁。
预防与改进：
- 完善公司规章制度，明确劳动能力鉴定结论书的提交时间、流程及违规责任。
- 加强员工培训，提高员工对劳动能力鉴定及工伤认定的重视程度。
- 建立有效的监督机制，确保员工按时提交相关材料。
总结：处理员工恶意延期提交劳动能力鉴定结论书的问题时，用人单位应秉持公正、合理的原则，先沟通了解原因，再依据规章制度及法律法规进行相应处理。同时，也应加强预防与改进措施，避免类似问题的再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。