夫妻在事业单位不同部门工作，一般不构成回避关系。但具体是否构成回避关系，还需根据《事业单位人事管理回避规定》中的具体条款来判断。以下是对此问题的详细分析：
分析说明
回避关系的基本规定：
- 根据《事业单位人事管理回避规定》，事业单位工作人员之间若存在特定的亲属关系，如夫妻关系，则不得在同一事业单位聘用至具有直接上下级领导关系的管理岗位。
- 同时，也不得在其中一方担任领导人员的事业单位聘用至从事组织（人事）、纪检监察、审计、财务工作的岗位。
不同部门工作的情况：
- 若夫妻双方在事业单位的不同部门工作，且不存在直接上下级领导关系，也不涉及组织（人事）、纪检监察、审计、财务等敏感岗位，则通常不构成回避关系。
- 在这种情况下，夫妻双方可以各自在其部门内正常工作，无需进行岗位回避。
特殊情况的处理：
- 若夫妻双方的工作岗位在未来可能发生变化，如其中一方被提拔至领导岗位，或调至敏感岗位，则可能需要根据实际情况进行岗位回避。
- 此外，若夫妻双方的工作内容存在利益冲突或可能影响公正履行职责的情况，也可能需要进行岗位回避。
结论补充
- 综上所述，夫妻在事业单位不同部门工作一般不构成回避关系，但具体还需根据双方的工作岗位、职责以及是否存在利益冲突等因素来判断。
- 若夫妻双方对回避关系存在疑问或担忧，建议及时咨询事业单位的人事部门或相关部门负责人，以获取准确的指导和帮助。
希望以上分析能对你有所帮助。如有其他法律问题或需要进一步的咨询，请随时向我提问。